İzetbegoviç hapisten çıktığında Dünya'da komünist rejimler çöküş dönemine girmişti. Yugoslavya'da da eski federatif yapının korunması konusunda çok fazla bir duyarlılık kalmamıştı. Bunun yerine bağımsızlık yanlısı fikirler etkisini göstermeye başlamıştı. Ayrıca eyaletlerde yönetime geçme konusunda etkin siyasi yarışlar başlamıştı. Aliya İzzetbegoviç de Bosna-Hersek Özerk Cumhuriyeti’nde Demokratik Eylem Partisi (SDA) adı verilen bir siyasi parti kurdu. Bu parti Bosna-Hersek'te 5 Aralık 1990'da gerçekleştirilen genel seçimleri kazanarak lideri Aliya İzzetbegoviç cumhurbaşkanı oldu. Bu seçim SDA'nın girdiği ilk seçim olmasına rağmen büyük bir başarı elde etti ve cumhurbaşkanlığını kazanmasının yanı sıra parlamentoda da 86 sandalye elde etti. Hastalık nedeniyle 14 Mart 1996 yılında Başkanlık görevini bırakmak zorunda kaldı.