Dördüncü yüzyıldan itibaren Kilise, din kitaplarındaki "gerçeklere" karşı gelenleri "sapık" ilan edip ''Tanrı'ya karşı gelmiş" gibi göstererek yok etmeğe başlar, etkili olabilmek için Devlet iktidarını kendisine araç yapar. Daha sonraki yüzyıllar boyunca kişileri dehşet ve korku içerisinde tutacak olan engizisyon sistemi bu gelişmenin sonucudur. Bu vahşet usulleri, akılcı yoldan bilimsel araştırma yapmak isteyenlerin kökünü kazımak bakımından fevkalade etkili bir iş görecektir. Kilise, bir elinde İncil, diğerinde engizisyon aracı ile büyük bilim üstadlarını (örneğin Bruno'ların, Copernicus'ları, Galileo'ları ve saymakla bitmeyecek daha niceleri), "Tanrı Kitab'ından farklı düşünüyorlar" diye ateşlere atacaktır.