Ankara Askeri Yargıda kendisine görev verilmiş, bu görevi için Ankara'ya gidip gelmeye başlamıştır. Yine böyle bir görev için Ankara'ya giderken Eskişehir'de kalp krizi geçirerek, 22 Kasım 1948'de, seksen yaşında hayata gözlerini kapayan Fahrettin Paşa, vasiyeti üzerine Rumeli Hisarı'na defnedilmiştir.