Çölyak hastalığı bir otoimmün hastalık olduğu için bazıları çölyak hastalığı olan birinin bağışıklık sisteminin hasar görmüş olduğunu düşünmektedir. Tam olarak böyle değil. Aslında, bunun tersi doğrudur- çölyak hastalığı olan insanlarda bağışıklık sistemi, gluten gibi kötü adamlarla savaşmak için fazla mesai yapmaktadır.