Yerli katliamları insanın midesini bulandıran bir başka konudur. Bir İspanyol'un içlerinden birinin boğazını nasıl kestiğini betimleyen hikâyesi üzerine Darwin düşüncelerini şöyle ifade eder: "Yirmi yaşın üzerinde görünen tüm bu yerli kadınların soğukkanlılıkla katledilmesinden daha korkunç ne olabilir? İnsanlık adına haykırdığımda bana şöyle karşılık verildi: "Ama ne yapmalı? Bu vahşilerin o kadar çok çocukları var ki!" Çevresi tarafından anlaşılmayan doğabilimci olayın sonuçlarini sezinliyor: “Yarım yüzyıl içinde Rio Negro'nun kuzeyinde bir tek yerli bile kalmayacak."