Terörle mücadelenin üç temel hedefi vardır:
1. Terörün ortadan kaldırılması
Terörün ortadan kaldırılması, terör örgütünü eylemlerini yapmaya teşvik eden nedenlerin ortadan kaldırılması ve terörün arkasındaki nedenlerin ortadan kaldırılması ile sağlanabilir. Bir terör örgütünün kendisini tamamen terörden soyutlayacağı an, terörle hedeflerini elde edemeyeceğini anlamasıyla olur.
2. Terörün neden olacağı kayıp ve zararları asgariye indirme
3. Terörün tırmanmasının engellenmesi
Terör örgütüne yeni katılımların önlenmesi, örgütün uluslararası alanda politik destek kazanmasının engellenmesi, örgüte sağlanan dış desteğin kesilmesiyle, terörün tırmanmasına mani olunabilir.