Hayatının ilk döneminde güçlük çeken Bâkî, Sultan Süleyman’ın iltifatına eriştikten sonra onun musâhibi olmuş, en yüksek makamlara getirilmiştir. Süleyman, iltifat ve iltimasta ölçüyü aşıp onu şeyhülislâmlığa getirince, ulema dayanamamış, karşı çıkmışlardır. Onu kıskananlar, nihayet III. Murad tahta çıktığında, medrese hiyerarşisinde en yüksek derece olan Süleymaniye müderrisliğinden azlettirdiler.