Ali Kuşçu, Ayasofya'ya müderris olarak atanır. Burada Fatih Külliyesi'nin programlarını hazırlamış, astronomi ve matematik dersleri vermiştir. Verdiği dersler olağanüstü rağbet görmüş ve önemli bilim adamları tarafından da izlenmiştir. Ali Kuşçu'nun astronomi ve matematik alanında yazmış olduğu iki önemli eseri vardır. Bunlardan birisi, Fatih'e sunulduğu için “Fethiye” adı verilen astronomi kitabıdır. Diğer önemli eseri ise Fatih'in adına atfen “Muhammediye” adını verdiği matematik kitabıdır.