Çelik Simyacı olan iki kardeş Ed Ve Al'ın hikayesi bu cilt ile başlıyor. Daha çocuk yaşta ölen annelerini simya ile geri getirmeye çalışırken bir şeylerin ters gitmesi sonucu, Al tüm bedenini kaybeder geriye sadece ruhu kalır. Ed ise bir kolunu ve bacağını kaybeder. Artık Ed'in tek amacı kardeşinin bedenini geri alabilmektir.
Bunun için filozof taşına ihtiyaçları vardır. Ve bu taşı bulabilmek için maceraları başlar...