1187'de Selahaddin Eyyübi'nin Kudüs'ü fethiyle Kubbetü's-Sahra'daki Hristiyan sembolleri kaldırılır. Yapının içindeki İslami kalem işleri yenilenir. Bugün Kubbetü's-Sahra içinde gördüğümüz ahşap ve sıva üzeri süslemelerin hemen hepsi Eyyübilerden kalmadır.