Moğol orduları Selçuklu sınırlarını geçmeye başladı. 1243'te Sivas yakınlarında, Kösedağ denilen yerde gerçekleşen savaş Selçuklular kaybetti. Moğolların ülkeyi baştan başa tahrip etmesinin önüne yıllık vergi vermek vaadiyle geçilebildi. Bu felaket yetmiyormuş gibi Selçuklu şehzadelerinin sürekli birbirleriyle taht mücadelesine girişmeleri devleti eritip hiçbir siyasi ağırlığı kalmayan bir idareye döndürdü, II. Keyhüsrev'in oğlu II. Keykavus, 1249'a kadar tahtta kalabildiyse de Moğolların müdahalesi yüzünden iktidarını kaybetti. 1262'de kendisini destekleyen Türkmenlerle birlikte iktidarı ele geçirmek için son bir hamlede bulunduysa da başarılı olamayınca İstanbul'a gitti. Bizans İmparatoru onları Dobruca bölgesine yerleştirdikten bir süre sonra Hristiyanlaştılar. II. Keykavus'un adından dolayı bu Türkmenler Gagauz diye anılır oldu.