Siyanobakterilerin evrimi en az iki milyar yıl önce iki farklı yola ayrıldı. Bir kol, bitkilerin oluşumunu başlattı. (Gen çözümlemeleri arkelerin bu yoldan dallandığını ōne sürüyor.) İkinci kol bugünün siyanobakterilerine ve diğer mikroplarına öncülük etti.