Özellikle, işlediği ahlaksızlıklar karşısında halkın başkaldırısını sindirmek için koyduğu ağır vergiler ve halkı itaate zorlayan fermanlarla Katolik Kilisesi, kendisine siyasi bir erk isnat etmiş ve bir derebeylik haline gelmişti. Bütün tasarruflarını, semadan alınmış ilahi talimatlarla gerçekleştirdiğini iddia eden kilise bu emirlere uymayanları da aforoz etmiştir. Kilisenin, vahiy yoluyla aldığını iddia ettiği talimatlarla bilimsel sahada da (Örneğin, yeryüzünün şekli gibi...) konuşmaya başlamasıyla asıl felaket meydana gelmiştir. Çünkü bir müddet sonra teorik ve deneysel bilimler, Tanrı tarafından öğretildiği iddia edilen bu bilgilerin yanlışlığını ortaya koymuş, bunun üzerine kilise bu handikabı aşmak için aralarında Galile, Kopernik ve Giordano Bruno gibi isimlerin de olduğu bilim adamlarına akıl almaz işkenceler yapmış, hatta bir kısmını ağaç yığınları üzerine koyarak yakmıştır. Bu aşamadan itibaren insanlar Tanrı'yı cahil ve zorba, vahyi irrasyonel, kiliseyi ve din adamlarını ise zalim olarak görüp din karşıtı bir cephede kendilerini konumlandırmaya başladılar.