Henüz sadece sezaryenle doğan bebeklerin bağırsaklarının annenin vajinal mikropları ile değil, annenin cildinden, ebelerden, doktorlardan, hemşirelerden ve doğumhanedeki diğer yenidoğanlardan gelen mikroplar tarafından kolonize olduğunu ve bu bebeklerin bağırsaklarına bifidobakteriler gibi önemli ve faydalı bakterilerin yerleşmesinin vajinal yoldan doğan bebeklerin bağırsaklarına göre daha uzun sürdüğünü biliyoruz. Tehlikeli bağırsak mikroplarından biri olan Clostridium difficilc'in sezaryenle doğan bebeklerin bağırsaklarına yerleşip aşırı çoğalması olasılığının daha yüksek olduğunu ve yine sezaryenle doğmuş olan bebeklerin ileri yaşlarda obez olma ihtimalinin daha fazla olduğunu biliyoruz. Bilim insanları, sezaryenle doğumun bebeği beyin-bağırsak değişikliklerine ve ciddi beyin bozukluklarına karşı daha hassas hale getirmesinden şüphelenmekteler ve bunu kesin olarak öğrenmek için çeşitli araştırmalara devam etmekteler.