Roman, Kuyucak köyünde ailesi eşkıyalar tarafından öldürülen küçük Yusuf’un, kaymakam Salâhattin Bey tarafından evlat edinilmesiyle başlar. Yusuf, kaymakamın eşi Şahinde Hanım ve kızı Muazzez ile birlikte Sarıova kasabasına taşınır. Ancak Yusuf, ne bu aileye ne de kasaba hayatına tam anlamıyla uyum sağlayabilir. Sessiz, içine kapanık ve asi bir kişiliğe sahiptir.
Yusuf, büyüdükçe kaymakamın kızı Muazzez ile birbirlerine âşık olurlar. Ancak Muazzez’i, kasabanın zengin ve ahlaksız siması Şakir ile evlendirmek isteyenler vardır. Yusuf, sevdiği kadını korumak için zorlu bir mücadele verir ve bu mücadele sonunda trajik bir sona sürüklenir.
“Kuyucaklı Yusuf” yalnızca bir aşk hikâyesi değil, aynı zamanda toplumsal adaletsizliklere karşı bir başkaldırıyı da temsil eder. Yusuf’un trajik sonu, Anadolu insanının yaşadığı zorlukların bir yansımasıdır.