Atsız, Atsız Mecmua (1931-1932) ile Türkiye'nin siyasal hayatında görünür hâle gelmiştir. “Anadolu'da Türklere Ait Yer Adları” isimli çalışması sayesinde M. Fuat Köprülü'yle tanışma şansına nail olan bu genç dimağ, resmî ideolojinin dini dışladığı ve farklı milliyetçi anlayışların birbiriyle rekabet ettiği Cumhuriyet'in ilk yıllarında rejimin en önemli kurumlarından birinde, Türkiyat Enstitüsü'nde kendisine yer bulabilmiştir. Köprülü'nün onu bilhassa edebiyat tarihi araştırmalarına yönlendirdiği 1930'ların ilk yıllarına kadar rejimin ateşli bir destekçisidir. Ancak kapsayıcı bir kimlik oluşturmak amacıyla geliştirilen Türk Tarih Tezi tartışmalarında hocası Zeki Velidi Togan'a reva görülen muameleyi eleştirmiş ve bu durumu arkadaşlarıyla birlikte protesto ettiği için akademiden uzaklaştırılmıştır.
Atsız Mecmua'nın ardından yoluna Edirne'de çıkardığı Orhun (1933-1934) ile devam eden Atsız, Türk Tarih Kongresi'nde dile getirilen iddialara, antropolojik ve dilbilimsel (filolojik) “bulgulara” dayandığı hâlde, soyut ve içeriği belirsiz kaldığı gerekçesiyle karşı çıkmıştır. Bu temelde oluşturulmak istenen Türklük anlayışına karşı, “somut” ve bir anlamda “bilimsel” dayanakları daha güçlü bir Türklük anlayışı savunduğunu iddia etmiştir. 19. yüzyıldan itibaren gerçekleştirilen merkezi reformların uygulamasında ortaya çıkan başarısızlık ve geri çekilmenin yarattığı döngüsellikte Türkçü bir ileri sıçramayla kendini yenilemeye, kendine saygının yeniden canlanmasına vesile olacağı düşünülen bu iyimser Batıcı girişimi asla kabul edememiştir. Atsız, Türkleri diğer milletlerden farklı ve üstün yapan özelliklerin zaten mevcutta bulunduğuna, onlarla eşit olmayı istemenin ise bizzat Türkçülük anlayışına aykırı olduğuna inanmıştır. Akademiden uzaklaştırılan, çıkardığı dergileri kapatılan, iktidarla ters düşen ve elim 1934'teki Trakya Olayları'nda öne çıkan Atsız'ın 1935 yılında Nâzım Hikmet'e karşı yürüttüğü polemikten 1930'ların sonuna dek sesi pek fazla duyulmamıştır.