İnsanın değerini belirleyen şey nedir? İyi niyeti mi, alçakgönüllülüğü mü, zekâsı olabilir mi? Her şeyin ötesinde sadece insan olarak doğmuş olmak yeterli değil miydi yoksa?
Charlie, doğuştan zekâ geriliğine sahip bir yetişkin. En büyük hayaliyse okuma yazmayı öğrenmek ve herkese onun da akıllı olabileceğini, onlar gibi ekonomi, siyaset ve tanrı hakkında konuşabileceğini göstermek. Ve sevilmek insanlar tarafından, kabul edilmek.
Geriden gelen yetişkinler için özel bir okula giden Charlie hem mahalledeki fırında çalışmakta ve ihtiyacı olan parayı kazanmakta hem de okuma yazmayı öğrenmektedir.
Kendini deneysel bir çalışmada bulduğunda her türlü riski kabul ederek hayatı için ikinci bir şansı elde eder. Bu çalışma daha önce laboratuvar hayvanları üzerinde test edilmiş ancak henüz güvenilirliğinden emin olunmayan bir zekâ artırma ameliyatını içermektedir. İnsanlar üzerinde hiç denenmemiş olan bu yöntem ilk kez Charlie'ye uygulanır.
Mucize ama gerçektir! Ameliyat işe yaramış, Charlie'nin zekâ seviyesi birkaç hafta içinde bile üniversite öğrencilerinin seviyesine ulaşmıştır. Bilgiye aç ve etrafındaki olayları anlamaya başlayan Charlie ise ona benzer bir ameliyat geçiren fare Algernon ile kendini özdeşleştirmeye başlar. Algernon ameliyattan sonra inanılmaz bir zekâya sahip olmuş ve en önemlisi de bunu koruyabilmiştir.
En azından bir süre...
Charlie, zaman içinde Algernon'da bazı değişiklikler tespit eder: fare artık eskisi gibi labirentleri çözememektedir.
Kazandığı zekâyı aynı hızla -ve hatta daha hızlı- kaybetmeye başlayan Algernon, Charlie'ye gelecekte yaşanacak olayların fragmanını izletmektedir.
Kendi deneyi üzerine rapor yazan Charlie ise hayatına ilk kez giren kadınların ve erkeklerin arasında bir varoluş mücadelesine başlar.