FETÖ/ PDY'nin yasadışı faaliyetlerine ilişkin geçmişten günümüze içinde askeri personelin de bulunduğu çok sayıda soruşturma ve kovuşturma açılmışh. İzmir Cumhuriyet Başsavcı Vekili Okan Bato'nun 2016 Nisan ayında "İzmir 'deki askeri casusluk soruşturmasında çeşitli usulsüzlükler yaparak sahte delil üretildiği" iddiaları ile ilgili "FETÖ/PDY Yapılanmasına" yönelik 81 sanık hakkında hazırlanan iddianame İzmir 2. Ağır Ceza Mahkemesi' ne gönderilmişti.
İzmir'de yürütülen FETÖ davası kapsamında alh TSK personelinin ifadeye çağrılması, bu konuda devam eden sürece ve adalete yardımcı olma iradesi gösterilmesi, kamuoyunu bu ko
nuda bilgilendirmek amacıyla karargahta basın duyurusu hazırlığı yapılması ile bu konuda basında ve sosyal medyada çıkan çok sayıda haber, 600 kişinin tutuklanacağı, örgüt mensubu oldukları iddia edilen kişilerin isimlerinin yayımlanması örgütte tedirginlik ve telaş yarattı.
FETÖ hakkında verilen kritik kararlardan biri de gecikmeli olarak alınan ve uygulamaya konan MGK kararıydı. Milli Güvenlik Kurulu'nun 26/02 / 2016 ile 26/05/2016 tarihleri arasında gerçekleştirdiği toplanhlarda FETÖ/ PDY'nin, milli güvenliği tehdit eden ve kamu düzenini bozan, devlet içerisinde legal görünüm alhnda illegal faaliyetler yürüten bir terör örgütü olduğu kararı alındı.