Çekirdek DNA'sından sonuç alınamayan örneklerde, mitokondri DNA'sı kullanılarak kimliklendirme yapılabilir. Mitokondri DNA'sının başka bir özelliği de çocuktaki mtDNA'nın(mitokondriyel DNA) babadan değil, anneden çocuğa aktarılmasıdır. Başka bir ifadeyle, çocuktaki mtDNA, annedeki mtDNA ile aynıdır. Çünkü sperm mtDNA'sı spermin kuyruk bölgesinde yer alır ve döllenme sırasında kuyruk kısmı yumurtaya giremez. Haliyle çocuktaki mtDNA'nın kaynağı annenin yumurtasındaki mtDNA'dır.