Meryem, Celil ve Nana'nın kızıdır. Celil zengin ve güçlü bir adamdır. Nana onun hizmetçisiyken ondan hamile kalır. Adamın başka üç meşru karısı ve dokuz çocuğu vardır. Nana, kızına "Haramî" deyip sürekli acımasızca eleştirir ve dışlar ama kızını haftada bir gün gören Celil ona güzel davranır. Nana hamile kalmış ve evden uzaklaştırılmıştır, kendisi için mücadele etmemesi sebebiyle Celil'e kızgındır. Nana daha sonra başkasıyla evlenecek olur ancak yazarın "cin girmesi" diyerek ironize ettiği epilepsi krizleri geçirir. Molla Feyzullah isimli çok sevdiği yaşlı bir Kur'an hocası vardır.
Sonrasında darbe olur ve şah devrilir. Bir gün Meryem Celil'in Herat'taki evine gider ve oradakilere onun kızı olduğunu söyler. Celil kapıya çıkmaz, Celil'in şoförü Meryem'e kendisini eve götürmeyi teklif etse de reddeder ve beklemeye devam eder. Geceyi orada geçirir, eve de girmeye çalışır ancak beceremez. Annesi hep oraya giderse aşağılanacağını söylemiş ancak Meryem dinlememiştir, burada gururu kırılır. Döndüğünde ise Nana'nın kendini astığını görür. Sonra alınmadığı eve Celil'in yanına normal bir şekilde alınır ancak tabi ki kızın bütün hayatı alt üst olmuştur. Burada mutsuz bir hayat sürerken üvey anneleri 15 yaşındaki kızın bir talibi olduğunu söylerler. Meryem diretse de nikahını kıyarlar.
Kocasının adı Raşit'tir ve uzun, göbekli, sigara içen, pis kokan bir adamdır. Meryem ayrılırken babasına çok sitem eder ve bir daha seni görmek istemiyorum der. İlk başta kıza cinsellik açısından zaman veren Raşit bir hafta sonra aklına geldikçe karnına kramplar giren kıza artık zamanının geldiğini söyler. Raşit dinci bir adamdır ve kadının bir ters bakışının bile problem olduğunu, başı açık kadınların kocalarının adam olmadığını düşünmektedir. Ona giymesi için bir burka verir ve giyince önünü göremeyen ve bundan hiç hoşnut olmayan kız mecburen kabul eder. Adama yavaş yavaş alışmaya başlar ve hamile kalır ancak düşük yapar. Ondan sonraki 6 seferde de düşük yapar ve kocası artık ona kötü davranmaya, dövmeye başlar.
Siyasi ortam da çok gerilmeye başlamıştır ve Ruslarla ara bozulunca Davut Han düşürülmüştür. Adam Meryem'e işkenceye varan hareketlerde de bulunmaya başlar, ona taş toprak yedirir, dişlerini döker.
Buradan Leyla'nın hikayesine geçilir. Leyla 12 yaşlarında bir öğrencidir. Meryem'in komşusu Fariba ve Babi'nin kızıdır. Bunlar entelektüel bir ailedir. Babası işgal nedeniyle işten atılmış bir öğretmendir. Eğitime çok önem vermekte, Leyla'ya da aşılamaktadır. Leyla'nın Tarık isimli mayından sakat kalmış bir sevdiği vardır. Aile Sovyet aleyhtarıdır, ağabeyleri Ruslarla savaşta şehit düşer ve bunun üzerine anneleri rahatsızlanıp münzevi bir hayata döner. Sovyetler yurttan çıkar ve Sovyetler Birliği çöker. Yıllarca Sovyetlerle mücadele eden "Mücahitler" isimli savaşçılar şehirlere akın etmeye başlar. Bu durum annesini de inzivadan kaldırır. Leyla ve Tarık biraz daha büyümüştür. Leyla ikisi hakkında erotik hayaller kurmaya başlamıştır ve annesi artık Tarık hakkında onu uyarır, sonrasında nihayet öpüşürler. Bu arada Afganistan'da yaşanan otorite boşluğu kaos getirmeye başlamış, çatışma tekrar tırmanmıştır. Şehir, özellikle kadınlar için çok tehlikeli olmaya başlamıştır ve Babi Leyla'yı okuldan alır. Okula giden çocuklara roket isabet ettiği bile olmaktadır, arkadaşları ölmektedir.
Bir gün Tarık artık bu çatışma ortamına babasının dayanamadığını ve Afganistan'dan göçeceğini söyler, kız ona çok sitem eder ve o gün birlikte olurlar. Tarık onu da kendiyle evlenmeye ve birlikte gitmeye ikna etmeye çalışır ancak Babi'yi bırakmak istemeyen Leyla kabul etmez. Normalde babası da gitmek istemektedir ancak iki çocuk şehit vermiş annesini ikna edemez ancak ellerindeki son çocuğu da feda etmemekle onu ikna eder ve önce Peşaver'e, oradan da yurtdışına gitmeye karar verirler. Eserin ismi olan "Bin Muhteşem Güneş" de evlerinden ayrılırken babasının Tebrizli bir şairden okuduğu şiirin içinde geçer. Onlar kaça madan eve bir roket isabet eder, Leyla'yı Meryem kurtarır, Raşit kız enkazdan çıkarılırken kılını bile kıpırdatmamıştır. İyileşene kadar ona bakarlar.
Eve birisi gelir ve Tarık'ın kaçarken kamyonlarına isabet eden bir roket yüzünden hastanede yattığını ve onunla orada tanıştığını anlatır. Anlattığına göre diğer bacağını da kaybetmiş ve sonunda da ölmüştür. Adam da tanıyıp sevdiği gencin vasiyeti üzerine Leyla'ya gelmiştir.
Raşit leyla eve geldikten sonra daha terbiyeli yemek yemeye, çatal peçete kullanmaya başlamıştır, kıza kur yapmaktadır ve bunu karısından gizlemez. Kız henüz 14'tür ve Meryem de kuma istememektedir ancak Raşit Meryem'i kızı sokaklara atmakla tehdit eder. Leyla Tarık'la seviştiği gün hamile kalmıştır ve çocuğu kamplarda helak olmasın diye kabul eder hatta hemen gerdeğe girmek ister ki çocuk ortada kalmasın.
Gerdek gecesinde elini yaralar ve kan işini halleder. Raşit'ten tiksinse de mecburen bu işi yapar. Raşit'in nezaketi de bir hafta sonra son bulur.
Artık Meryem 33 yaşına gelmiştir. Bir açıdan bu evlilikle Raşit'le yatmaktan kurtulmuştur. Raşit de Meryem'i oldukça aşağılar ve as karısının Leyla olduğunu ilan eder. Meryem ne kadar Raşit'i sevmese de kocasını çalmakla suçlar ve çok sert davranır. Leyla Raşit'e hamile olduğunu söyler. Bebek kız olur, adını Azize koyarlar. Erkek bekleyen Raşit onu hiç sahiplenmez ama Leyla çocuğuna çok güzel bakmakta her şeyiyle çok detaylı ilgilenmektedir.
Birgün Raşit'i reddeder ve Raşit çileden çıkıp bunu Meryem'in maarifeti sanır. Raşit Leyla'ya Tarık'la ilgili aralarında neler olduğuna dair sorular sorar ve imalar yapar. Leyla ondan düzenli olarak para çalmakta, gelecek bahar evden kaçmayı tasarlamıştır. Meryem de bebeği sevmeye başlamış ve bu vesileyle ikisinin de arası yavaş yavaş iyileşmeye başlamıştır. Birgün Leyla gerçekleri Meryem'e anlatır ve kendisinin de onlarla kaçmasını teklif eder ve kaçarlar. Bu sıralarda artık Afganistan'da milisler insanların namusuna karısına kızına kast etmeye başlamıştır. Mollalar kadın haklarını sıfırlamıştır. Kaçarken Vekil isimli yabancı bir erkekten yardım isterler ve adam yardımcı olacağını söyler. Ona dul olduğunu, kimsesinin kalmadığı, Peşaver'deki dayısının yanına gittiği yalanını söyler. Tam otobüse binerken bir askerle Vekil'in bakışmaları Leyla'yı kuşkulandırır ve tam otobüse binecekken milis kadınlara kenara geçmelerini söyler. Askerler onu sorguya çekerler, onlara Meryem'in annesi olduğunu söyler. Meryem tecrübesiz olduğu için onları ele verir ve Raşit'in evine geri gönderilirler. Dönünce sağlam bir dayak yerler. Raşit Leyla ve Azize'yi kilitler, yemek ve su vermez. Leyla imdat etse de kimse gelmez en sonunda da bir daha yaparsa gözlerinin önünde çocuğunu öldürmekle tehdit eder ve işkenceyi bırakır.
Bu sıralarda Taliban tüm yönetimi ele geçirir, siyasî boşluk son bulur ancak koyu şeriat yasaları ilan edilir. Neredeyse nefes almak bile yasaktır. Raşit bu duruma oldukça doğal yaklaşır çünkü kendi de neredeyse bu şekilde yaşamaktadır. Bir gün Leyla'ya Azize'nin ne kendine ne Leyla'ya benzediğini söyler ve onu canı sıkılırsa Taliban'a gidip kendisiyle ilgili şüphelerinin olduğunu söylemekle tehdit eder. Leyla Raşit'ten de hamile kalır. Başta çocuğu öldürmeyi düşünür ancak yapamaz. Bebek ters gelir ve sezeryan gerekir ancak hastanede narkoz yoktur. İlaç bulunamamaktadır çünkü Taliban uluslararası sivil toplum örgütlerinin ilaç yardımlarını reddetmekte, gönderilen paraları başka yerlere harcamaktadır. Meryem ilacı bulmak istese de akşam sekizden sonra kadınların dışarı çıkması kati surette yasaktır. Dolayısıyla Leyla narkozsuz sezaryen olacaktır. Bu kısım Afganistan'da kadınların çektiklerini çok güzel anlatmıştır. Çocuk doğar ve adını Zalma koyarlar. Azize'ye kötü davranan Raşit, kendine benzeyen Zalma'ya bir o kadar iyi davranır. Ona yasak olmasına rağmen televizyon ve dvd alır. Bir gün gelir ve Azize'yi yetimhaneye vereceğini söyler, Leyla kabul etmeyince kadını döver ve ağzına silah sokar.
Bir gün Raşit'in dükkanı yanar. Başka bir iş de yapamayan Raşit her şeyini kaybetmeye başlar. Artık evde açlık başlamıştır. Meryem küs olsa da Celil'e ulaşmaya çalışır ancak adam ölmüştür. Azize'yi yetimhaneye verirler. Yetimhane müdürü Zaman Bey sevecen ve Taliban'dan nefret eden bir adamdır. Yavşak Raşit erkeksiz kadının gezmesi yasak olduğu için Leyla ve Meryem'in Azize'yi görmeye gitmesini bile bir koza çevirir ve yaşlandım, ayaklarım ağrıyor, kalbim sıkışıyor vs. diyerek işi yokuşa sürmekte, kadınlara sadece on dakika vermekte, bazen yarı yolda vazgeçtim deyip dönmektedir. Bir gün artık gitmeyeceğini söyler. Kadın kendi gitmek istese de yarısında Taliban'a yakalanıp dayak yer. Bunlar kırbaç ve sopa ile yapılır.
Leyla bir gün eve döndüğünde kapının önünde Tarık'ı görür ve eve gelip onun öldüğünü söyleyen ihtiyarın aslında Raşit'in parayla tuttuğu bir oyuncu olduğunu anlar. Tarık 25 yaşına gelmiştir. Pakistan'da yaşamaktadır, uzun uzun yaşantısını anlatır. Zalma çocuk aklıyla Tarık'ı ağzından kaçırır ve Raşit öğrenir ve kadınları öldüresiye döver, Leyla'yı boğmaya çalışırken Meryem onu kürekle öldürür. Leyla, Tarık'la birlikte kaçmayı teklif eder ancak Meryem kendisini bırakmalarını ister çünkü bu durumda peşlerine takılıp hepsini imha edeceklerdir. Leyla Zalma'yla yola çıkar ve artık Meryem'i asla göremeyecektir.
Cezaevinde kadınlar hep evden kaçma suçundan yatmaktadır ve Meryem bu sebeple büyük saygı görür ancak idam cezası alır. Diğer kitaplarda da sürekli bahsi geçen, insanların gözler önünde infaz edildiği bir stadyumda infaz edilir.
Tarıkla Leyla kaçtıktan sonra çocukları da alıp Tarık'ın çalıştığı Pakistan'a gider evlenirler. Azize babasıyla güzel anlaşır ancak Zalma Tarık'tan nefret etmektedir. Stabil bir hayat tuttururlar ve tam bu sıralarda ikiz kule saldırıları gerçekleşir, Amerika Taliban'a savaş açar ve 2002 civarında onları püskürtür. Afganistan'da hayatın normale dönmeye başlamasıyla Pakistan'daki hayatları Afganistan'a göre çok lüks olmasına rağmen Leyla'nın içini bir virüs gibi sıla hasreti kaplar. Önce Meryemin doğup büyüdüğü yere gider ve babasının ölmeden ona bıraktığı bir kutuyu alır. İçinden mektuplar ve bir video kasetle Pinokyo filmi çıkar. Mektuplarda Meryem'den kendine yaşattıkları için özür diler. Arazilerini satıp parasını dolar olarak bu kutunun içine koymuştur. Leyla ülke için bir şey yapmış olmak için Azize'nin kaldığı yetimhaneye gelir ve hizmet etmeye başlar.