Bu noktada, aynı genin farklı organizmalardaki nükleotit diziliminden faydalanıyoruz. İki diziyi aynı hizaya getirip, nükleotit farklarını sayarak iki gen arasındaki genetik değişiklikle (dizi değişikligiyle) orantılı anlamlı bir evrimsel uzaklık ölçüsüne ulaşıyoruz.