Santa Fe Institute’den Stuart Kauffman “karmaşıklık teorisinin” önde gelen savunuculanndandır. Bu teori genel hatlarıyla canlı sistemlerin pek çok özelliğinin doğal seleksiyon ile değil de, kendi kendini düzenlemenin — kompleks sistemlerin belirli kalıplara göre kendilerini düzenleme eğilimi — sonucu olduğunu ileri sürmektedir.
Karmaşıklık teorisi çok az takipçi edinirken eleştirenlerin sayısı oldukça fazlaydı. Kauffman’ın mezuniyet çalışması sırasında ona gö zetmenlik yapan John Maynard Smith, teoriyi fazla matematikçi olması ve gerçek hayat kimyasıyla ilişkisizliği yüzünden eleştirmiştir. Bu eleştiri değerli olsa da Kauffman’ın tanımladığı probleme (karmaşık sistemlerin kökeni) Smith’in getirdiği bir çözüm yoktu.