İsyancı Araplar, Paşa’nın teslim alınmaması halinde Medine’ye girip şehri kılıçtan geçirmekle tehdit edince Ali Necip Bey devreye girerek paşayı teslim almak için plan kurdu. Bu plana göre Paşa’yla görüşmek bahanesiyle yanına gidilecek, o ve yanındakiler ip, kum, biber ve kül kullanılarak etkisiz hale getirilecek ve Araplara teslim edilecekti. Ali Necip Bey plan üzerine Paşa’nın yanına girdiğinde evvela söz yoluyla ikna etmeye çalıştı. Fakat Fahrettin Paşa teslimiyeti kabul etmiyordu. Paşa’nın bu tavrı, Ali Necip Bey’e başka çare bırakmadı. Paşa’nın üzerine atıldılar ve kıskıvrak yakalayıp tutukladılar. Paşa, İngilizler tarafından teslim alındı ve tutsak edilmek üzere Malta’ya doğru yola çıkarıldı. Böylece Medine Müdafaası, 10 Ocak 1919’da sona erdi.