Vânî Mehmed Efendi, Van'ın Hoşab kasabasında doğmuştur. Mehmed Efendi, eğitimi için küçük yaşlarda Van'a gelmiş buradaki eğitimini tamamladıktan sonra Tebriz, Gence ve Karabağ'a giderek farklı hocalardan dersler alıp tahsilini tamamlamıştır, Erzurum'da vaizlik görevine başlayan Mehmed Efendi, ilim meclislerinde verdiği sohbetlerle kısa süre içerisinde şehrin tanınmış uleması arasında yerini almıştır. Bu yetenekli ilim adamı, Erzurum beylerbeyi Köprülüzâde Fâzıl Ahmed Paşa'nın dikkatini çekmiş ve kısa sürede aralarında yakın bir dostluk oluşmuştur. Fâzıl Ahmed Paşa sadrazam olunca Vânî Mehmed Efendi'yi İstanbul'a davet etmiş ve onu dönemin padişahı IV. Mehmed ile tanıştırmıştır. IV. Mehmed'in yakın ilgisine mazhar olan Vânî Efendi, Yeni Cami kürsü vaizliği, hâce-i sultanîlik ve hünkâr vaizliği gibi önemli görevlere getirilmiştir. Padişah her fırsatta, Mehmed Efendi'nin vaazlarını dinlemiş ve onunla sohbet etmiş ve ona izzet ve ikramda bulunmuştur.
II Viyana kuşatmasının hazırlık sürecinde ateşli vaazlar verip halkı ve orduyu sefere hazırlayan Vânî Efendi, sefer esnasında da ordu vaizi olarak görevlendirilmiştir. II Viyana Seferi'nin bozgunla sonuçlanması üzerine IV. Mehmed bu çok sevdiği vaizi feda etmek zorunda kalmış ve onu Bursa Kesteve sürgüne göndermiştir, Vânî Efendi 1685 yılında Kestel'de vefat etmiş ve burada yaptırdığı caminin bahçesine defnedilmiştir. Vânî Efendi, bugün Üsküdar ilçesinde yer alan Vaniköy'de bir cami ve medrese ile Kestel'de büyük bir cami ve mektep yaptırmıştır.
Vânî Mehmed Efendi, 17. yüzyılda ortaya çıkan ve Osmanlı toplumsal yaşanımı derinden sarsan "fakihler ve sofular” kavgasının merkezî kişiliklerinden birisiydi. Fakihler tarafının öncülerinden olan Vânî Efendi tasavvuf başta olmak üzere dindeki her türlü bidatin amansız bir muhalifi olmuştur. Mutasavvıf şair Niyazi Mısrî'nin Limni adasına sürülmesi, bazı Bektaşi tekkelerinin yıktırılması ve Mevlevi tekkelerinin kapatılması olaylarının sorumlusu olarak Vânî Efendi gösterilmektedir.
Vânî Mehmed Efendi'nin en önemli eseri Arâisü'l-Kur'ân ve Nefâisü'l-Furkân ve Ferâdîsü'l-Cinân adlı, Kur'ân'daki kıssaların tefsiri mahiyetinde olan iki ciltlik eseridir,