1960 yılında Konya-Beyşehir’de doğdu. İlkokulu Beyşehir’de, ortaokul ve liseyi İzmir İmam-Hatip Lisesi’nde okudu. Yükseköğrenimini ise İzmir Dokuz Eylül Üniversitesi İlâhiyat Fakültesi’nde tamamladı. Ayrıca, Marmara Üniversitesi Ortadoğu ve İslâm Ülkeleri Enstitüsü Sosyoloji ve Antropoloji bölümünden “yüksek lisans” derecesi aldı.
Gün, Fakülteyi bitirdikten sonra Milli Eğitim Bakanlığına geçerek yirmi yılı aşkın öğretmenlik yaptı. 2007 yılında kurum değiştiren Gün, TBMM’ye bağlı Millî Saraylar’da müşavir olarak çalışmaya başladı. 2009 yılında Milli Saraylar Grup Başkanlığı, 2010-2016 yılları arasında ise Saray, Kasır ve Köşklerden sorumlu Daire Başkan Yardımcılığı görevlerini yürüttü. 2016 yılında Müzecilik ve Tanıtım Başkanlığı görevine getirilen Gün, hâlen aynı görevi sürdürmektedir.
1994 yılından itibaren başta Almanya olmak üzere Hollanda, İsviçre, Fransa, Avusturya, İtalya, İsveç gibi çeşitli Avrupa ülkelerinde eğitim ve kültür içerikli yüzlerce seminer ve konferans verdi. Aynı minvaldeki kültürel etkinlikleri yurt genelinde de sürdürdü.
Yazı serüvenine 1970’li yılların sonunda Yeni Devir Gazetesi ve Mavera Dergisi’yle başlayan Gün, Millî Gazete’de 1990 yılından başlayarak on dokuz yıl köşe yazarlığı yaptı. Ayrıca, aynı dönemde çeşitli dergilerde kültür, sanat ve edebiyat içerikli yazı ve makaleler yayınladı.
Yazdığı “Babanzâde Ahmed Naim’in Hayatı ve Eserleri” adlı eseriyle Türkiye Yazarlar Birliği tarafından 2016 yılının en iyi biyografi ödülüne lâyık görüldü. Yazar Mine Alpay Gün’le evli olan Fahrettin Gün, dört çocuk babasıdır.
Gün’ün 20’den fazla yayınlanmış eseri olup bazılarının isimleri şöyledir: Sebilürreşad Dergisi Ekseninde Din-Siyaset ve Lâiklik (1948-1954), Batı Günlüğü, Aşk ve Ölüm, Mehmed Âkif-Tevfik Fikret Çatışması, Babanzâde Ahmed Naîm’in Hayatı ve Eserleri, Çocukları Öpmekte Meleklerle Yarışmak (Beyan Yayınları).