Lakatos’un bilimsel araştırma programı, tek bir teoriyi değil de bir teori dizisini yönlendirir. Ancak böyle diziyi oluşturan teorilerin ortak katı çekirdeklerinden ötürü aynı teorinin zaman içindeki farklı teori aşamaları (theory phases) sayılabilir. (Bkz. Nola and Sankey, 2007, s. 274.) Böyle olunca, her bilimsel araştırma programı (her bilimsel paradigma gibi), bir tek teoriye ilişkindir.