İstanbul’da doğdu. 1905’te Vefa İdâdîsi’nden mezun oldu. Mülkiye Mektebi talebesiyken Fransızca öğrenmeye yoğunlaştı. Bu çabası onun psikoloji ve felsefeye yönelmesini etkiledi. II. Meşrutiyet’in ilân edildiği dönemde Mülkiye’yi bitirdi. Kısa bir süre sonra kişisel eğilimleri açısından daha verimli olacağını düşündüğü eğitimcilik mesleğine yöneldi; hayatını pedagoji, psikoloji ve felsefe alanlarına adadı. Eğitimcilik yönünde yaptığı bu seçim onun siyasal görüşlerini de biçimlendirdi. Dönemin radikal toplumsal değişim yanlısı görüşlerine karşı, toplumsal değişimin zorlama yollarla değil zaman içinde pedagojik yöntemlerle halkın seviyesinin yavaş yavaş yükseltilmesine dayanan bir politikayla gerçekleştirilmesi gerektiği düşüncesini benimsedi. Mustafa Şekip’in düşüncesinin bu yönde gelişmesinde Henry Bergson, William James ve Sigmund Freud’ün önemli bir yeri vardır. Toplumsal değişimde geçmişin önemi ve şimdiki zaman üzerindeki etkisi, politikada hayata rasyonalist gerçekleri dayatmak yerine terbiyeye önem verilmesi, toplumsal değişimi yaratıcı gelişmenin serbest yaşam hamlelerine bırakmak ve eğitimin salt zekâya dayandırılmasına dair bilinç felsefesi aksiyomlarını şüpheyle karşılayarak bilince de yer açmak gerektiği yönündeki başlıca görüşler onun düşüncesini biçimlendirdi. Mustafa Şekip, Batı felsefesinde pozitivizm eleştirileri için önemli bir dönüm noktası sayılan I. Dünya Savaşı yıllarında Cenevre Üniversitesi’nde psikoloji öğrenimi gördü; pozitivizme yönelik eleştiriler onun entelektüel hayatını şekillendiren en önemli etkenlerden biri oldu. Bu dönem, Mustafa Şekip’in rasyonalizme karşı eleştirel felsefeleri yakından tanımasına katkıda bulundu. Jean Jacques Rousseau Pedagoji Enstitüsü’nden aldığı diplomayı Cenevre Üniversitesi’nden aldığı psikoloji sertifikası ile tamamlayarak eğitimini bitirdi ve yurda döndü. Bu dönemde Terbiye Mecmuası’ndaki yazıları İstanbul Dârülfununu hocalarının ve özellikle Ziya Gökalp’in dikkatini çekti. İsmail Hakkı ve Mehmed Emin beylerin teklifleri üzerine Edebiyat Fakültesi müderris muavinliği görevine tayin edildi (1919). Üniversitedeki görevinin başlarında Millî Mücadele’ye destek veren Dergâh dergisinde yazılar yazdı. İttihat ve Terakkî Fırkası’nın egemen ideolojisi haline gelen Ziya Gökalp’in pozitivist sosyolojisine karşı derginin Bergsoncu çizgisinin belirginleşmesinde, kaleme aldığı elliye yakın yazının önemli bir payı vardır. Bu yazılarında -Bergson’un pozitivizme yeni bir metafizikle karşı çıkışında olduğu gibi- maddî ölçülere karşı mâneviyatın, niceliğe karşı niteliğin ve bir diriliş anını ifade eden hayat hamlesinin sonucu olarak gördüğü Millî Mücadele’yi destekledi. Osmanlıcılık, İslâmcılık ve Turancılığı gözden düşmüş akımlar sayıp Anadolucu bir milliyetçiliği benimsedi ve Anadolu’daki dirilişin metafizik alt yapısını kurmaya yönelik bir çizgi takip etti. Dergâh’ın felsefî çizgisini açıklığa kavuşturan yazıları, aynı zamanda Türkiye’de muhafazakârlığın felsefî ve siyasî bir dile dönüşmesi açısından önemli rol oynayacaktır. Dârülfunun’daki görevini 1933 üniversite reformu sonrasında da ordinaryüs profesör unvanıyla sürdürdü. Uzun bir süre hizmet ettiği üniversiteden 1953 yılında emekliye ayrıldı ve 1958’de vefat etti.