Yoksulluk içinde desteksiz büyüdü, ilahiyat öğrenimini yarım bırakarak hukuk okudu. Jean Jacques Rousseau’nun Emile adlı eğitsel romanını (1762) okuduktan sonra yaşamının ülküsünü bulmuş oldu; öğrenim ve eğitim yoluyla insanları geliştirmeyi amaç edinen görevine bağlandı. 1774′ te kimsesiz çocukları barındıran ilk okulu kurup yaşatmaya, el emeği ve iş eğitimiyle kişileri daha yararlı ve kendine yeter duruma getirmeye çalıştı. Belli düzeyde başarı kazanmasına karşın para kaynağı yeterince besleyici olmadığı için bu deneyi yarım kaldı (1779). Bu aşamanın düş kırıklıkları ilk kitabına da konu oldu: Abendstunde eines Einsiedlers (Yalnız Yaşayan Birinin Akşam Saatleri) 1780. Ardından Emile etkisindeki eğitsel düşlerini açıklayan romansı anlatısını yarattı: Lienhard und Gertrud (L. ile G.) 1781-1787.
Fransız Devriminden sonra hem Fransız yurttaşlığıyla onurlandırıldı, hem Fransa’da düşüncelerini özgürlük içinde uygulamaya çağrıldı. Stans’daki Kimsesizler Yurdu’nun yönetimine geçen Pestalozzi, okul yaşamına ev sıcaklığını kazandıran uygulamaları gerçekleştirdi, düşüncelerini kolay formüllere dönüştürme denemesini tamamladı. Ardından Burgdorf daki yatılı okul deneyi doğdu (1800-1804); bu dönemin eğitim eseri de birlikte ortaya çıktı: Wie Gertrud ihre Kinder Lehrt (G. Çocuklarını Nasıl Eğitiyor) 1801. Hoşgörülü bir disiplinden yana, ezberciliğe karşı, duyuları olgunlaştırmayı savunarak, her bireyin kendi yeteneğini bulup geliştirmesini amaçlayan programı hemen hemen tamamlanmış oldu: Meine Nachforschungen Uber den Gangder Natur (İnsanlığın Gelişiminde Doğanın Etkisi Üzerine Araştırmaları) 1797. Ama en geniş ve doğru uygulamalarını Yverdon’daki yatılı okulda buldu, 20 yıl boyunca birbirinden güzel başarı aşamalarına erişti, Avrupa’nın dünyanın ilgisini çekti, düşüncelerinin doğruluğunu bütünüyle kanıtladı. Çeşitli nedenlerle eserinin zedelendiğini gördü, eski çiftliğinde umutlarının çoğunu yitirmiş olarak öldü (17 Şubat). Doğaya aykırı olmaması gereken toplumsal kurumlarda insanın kafa, yürek ve el eğitimini gerçekleştirmek amacındaki çabaları günümüzün de eğitsel amaçlarının değişmez özüdür. Bütün eserleri önce 15 ciltte toplandı (1819-1827); ikinci kez 1899-1912 arasında 12 cilde sığdırıldı.