Defterleri gerçeği yansıtıyorsa, Darwin'in o sıralar Tanrı'yı pek de düşünmediğini söyleyebiliriz. Kendini ağaçlara, ormandaki her şeye kaptırmıştı. Gerçeğin, insana yücelerden gönderilen bir şey olmadığını, insanoğlunun bu dünya üzerinde yapacağı araştırmalar sonucu yavaş yavaş ortaya çıkacağı düşüncesi onda yer etmeye başlamıştı.