Osmanlı medreseleri hiçbir dönemlerinde felsefeyle iştigal etmez iken, dinsel dogmalar hiçbir an eleştiriye uğramazken, bu medreselerde "özgür" ve "ileri" öğrenimin yapıldığı nasıl ileri sürülebilir, bilemiyoruz.
Özellikle kendilerini felsefeye nispet edenler tarafından dine sokulmuş olan yanlış ve aykırı görüşler ile sapmaya uğramış inançlardan dolayı nefis son derece üzüntü ve elem içindedir. Çünkü dostun verdiği eziyet düşmanın verdiği eziyetten daha acıdır. Bununla felsefenin, dinin dostu ve süt kardeşi olduğunu kastediyorum.
Felsefe demek, insanın kendine göre bir görüşünün olması demektir. İnsanın yaşadığı dünyayı kendine göre yorumlaması ve değiştirmesi demektir. Doğrusu İbn Rüşd işte böyle bir kapıyı aralamak ister, ama dinle olan bağlarını ko parmaya çalışmak yerine, din ile felsefeyi bağdaştırmaya çalışır. Aradan geçen yedi yüzyıl içinde İslam dünyasında pek bir şey değişmez, Namık Kemal de demokrasiyi şeriattan çıkarmaya, şeriatla modern hukuku bağdaştırmaya çalışır ve ortaya garip bir yaratık çıkar.
Kitaplarında mezhepler den herhangi birisini benimsemiş olması nedeniyle "bilakis o,eş'ariler ile Eş'ari, sufiler ile sufi, felsefecilerle filozoftur" der.