"Deyr", Arapça manastır anlamına gelmektedir. Deyrul-Zafaran, "safran manastırı" olarak Türkçeye çevrilebilir. Rivayete göre safran bitkisi, yapının harcında kullanılmıştır ve yapı sarı rengini bu bitkiden almıştır. Bir başka rivayete göre ise etrafta safran bitkisi çok yaygın olduğu için manastır bu adla anılmaktadır.