Ağrı doğumlu. Bitlis Öğretmen Lisesi ve Ankara Üniversitesi Hukuk Fakültesi mezunu. Gazeteciliğe 1993 yılında, Ankara’da yayın yapan Dünya Radyoda başladı. 1995’ten itibaren Zaman gazetesinin Ankara bürosu ve İstanbul merkezinde çalıştı.
2015 yılı öncesinde sık sık CNNTürk ve NTV gibi haber kanallarında siyasi yorumlar yapan Faruk Mercan, 15 Temmuz 2016 yılındaki FETÖ terör örgütü darbe girişiminin ardından yurtdışında yaşamaktadır.
Kitapları; Fethullah Gülen, Niso, Nesim Malki Cinayeti, Boğaz'ın Şövalyesi, Üzeyir Garih Cinayeti, Onlar Başroldeydi, Savaşçının Dönüşü / Apolet, Kılıç ve İktidar, Susurluk Prensleri, Bir Gizli Savaşın Perde Arkası, Boğazın Şövalyesi / Üzeyir Garih'in Son Randevusu, Nesim Malki'nin Sıradışı Hikayesi.