Hıristiyanlığın Konstantin ile beraber resmi devlet dini haline gelmesi ve devletin yapısında bulunan eyalet sisteminin kiliselerin teşkilatlandırılmasına uygulanması ile Fener Patrikhanesi devlet yönetiminde söz sahibi olmaya başlar. Kiliseler arasındaki iç çekişmelerden dolayı zayıf düşen Doğu Kilisesi 1054 yılında Batı Kilisesi ile yolunu ayırmış, 1453 yılına kadar yok olmanın eşiğine gelmiştir.
Fener Patrikhanesi, 1453 yılında Fatih'in İstanbul'u fethi ile Türk Tarihine girmiştir. Ortodoks tebaanın fazla olması ve imparatorluğun genişleme istikametinde Katolik Kilisesi ile olan menfaat çatışması sebebiyle imtiyazlar verilen patrikhane Bizans döneminde dahi olmayan bir güce kavuşmuştur.
Fakat Bizanslılık ruhunu üzerinden atmayan patrikhane, İmparatorluğun zayıf düşmesi ile beraber, Osmanlı topraklarında menfaatleri olan yabancı devletlerinde yardımı sayesinde, devlet aleyhinde çalışmalarda bulunmuştur.
Milli mücadele döneminde tepe noktasına ulaşan zararlı faaliyetleri, Lozan Antlaşması ile son bulmuş, Lozan'da statüsü, sadece dini' yetkileri olan, siyasi yetkileri olmayan bir azınlık kilisesi olarak belirlenmiştir.
