Osmanlı İmparatorluğu’nun resmî ilk sivil bilim örgütlenmesi olan Cemiyet-i İlmiyye-i Osmâniyye tarafından 1862 yılında çıkarılmaya başlanan Mecmûa-i Fünûn, adı üstünde bir “fen’ler” dergisidir ve henüz Türk okuyucusunun tanımadığı jeoloji, fizik, kimya, biyoloji gibi pozitif bilimlerden; tarih, coğrafya, pedagoji, felsefe, mantık, maliye ve iktisat gibi sosyal bilimlere kadar birçok konu, sayfalarında yer bulmuştur. Çoğunluğunu cemiyet üyelerinin oluşturduğu mecmua yazarları, bir yandan bilimsel düşünceyi gündelik politikadan uzak tutmaya özen gösterirken, diğer yandan cesurca el attıkları toplumsal konularla medrese dışındaki en ciddî muhalefeti meydana getirmişlerdir.
Cemiyet-i İlmiyye-i Osmâniyye kurucuları, Avrupa’nın ilerlemesinde, fen bilimlerindeki gelişmelerin büyük etken olduğuna inanmışlardır. Eğer burada da niyet bu ise aynı yoldan kararlılıkla yürümek gerekmektedir. Ve fen dergiciliği yaparken, siyasî ve dinî konulardan uzak durmayı, ciddiyetlerinin göstergesi olarak, nizamnamelerine mutlak bir kural olarak koymuşlardır. Bu tavır, devir göz önünde tutulduğunda, gerçekten son derece cüretkârdır: Bir dergi çıkaracaksınız, hemen her şeyden bahsedeceksiniz, fakat dinî konulara hiç girmeyeceksiniz. Yani, dini, dünyaya bakış ve hayatı algılayışta, artık bir referans olarak kullanmayacaksınız. Rehberiniz tamamen Batı ve Batılı bilgi olacak… Cemiyet-i İlmiyye-i Osmâniyye kurucuları, böylece, hem ‘kültürde laiklik’ diye isimlendirilebilecek bir hareketin başlatıcıları olmuşlar hem de “bilimsel özerkliğe” çok erken bir kapı açmışlardır.
