Harizmşahlar Devleti’nin sonunu getiren Moğol seferleri elbette bölgenin ilmi ve kültürel durumunu da olumsuz etkiledi.
Cengiz Han’ın ordusu ele geçirdikleri şehirlerdeki mescid, medrese ve kütüphane gibi eğitim kurumlarına zarar verdi. Bu dönemde Moğollara direnen pek çok alimimde öldürüldüğü bilinmektedir.