İslam hakimiyeti ile birlikte artık
"Haremü'l - Halil" olarak anılan ziyaretgaha ve mescide Eyyubiler, Memlükler ve Osmanlılar tarafından birçok ekleme ve tezyinat yapılmıştır. "Haremü'l - Halil", Osmanlı döneminde özenle korunmuş, 1. Ahmet ve 2. Abdülhamid devirlerinde ciddi tamiratlar geçirmiştir.