Batı'da Aydınlanma devrinden itibaren belirgin bir şekilde kendini gösteren
bilim-din çatışması, kilisenin şahsında Hıristiyanlığı ve bütün din aleyhtarı hareketleri körüklediği için modernist düşünce ile irtibatı olan Osmanlı'nın ve onun devamı olan Türkiye'nin fikir ve bilim adamlarını da etkilemiştir. Onların bir kısmı Hıristiyanlık ve Islâm arasında bir ayırım yapmadan Avrupa'da Hıristiyanlığın ve kilisenin aleyhinde olan düşünceleri ülkemize din ve İslâm aleyhtarlığı şeklinde uygulamaya çalışmışlardır. Modernleşme, batılılaşma, medenileşme, çağdaşlaşma gibi kelimeler çerçevesinde oluşturulan düşünce ve hareketler, materyalist ve pozitivist bir şablon üzerine oturtularak İslâm'ın itikadi, ameli ve ahlâkî esaslarına şiddetli tenkitler yöneltilmiş ve Müslümanların inançlarında derin sarsıntılar geçirmesine, hatta bazen inançsızlığa düşmesinde etkili olmuşlardır.