Özellikle Moğol istilasıyla birlikte Maveraünnehir bölgesinden Hanefi ve Maturidi Türklerin gelmesiyle birlikte Anadolu'da mezhep dengesi Hanefilik lehine değişmiş ve zamanla en yaygın mezhep haline gelmiştir.
Selçuklular Anadolu'ya geldiklerinde bölgede Şafiilik en yaygın mezhepti, başkent Konya'daki medreselerin çoğunda da Şafii ve Eş'ari mezheplerine göre tedris yapılıyordu.
Fakat Eyyübiler 12.yüzyılın ikinci yarısından itibaren Kahire'de kâdılkudâtı Şafii alimlerinden tayin etmişler, Suriye'de de Şafiiler'e özel himaye göstermeleri sebebiyle hem eğitim-öğretim imkanları hem müntesip sayısı bakımından Hanefilik ikinci sıraya gerilemiştir.
Şiilik propagandaları Hicaz ve Suriye gibi halkı Arap olan bölgelerde yaygın olduğu için Hanefi Selçuklular, Arap topluluklarının daha çok benimsediği Şafii mezhebi esaslarına göre eğitim yapan Nizamiye Medreselerini açarak Şii propagandalarını etkisiz hale getirmeyi amaçlamıştır.