Mustafa Kemal, Ankara Hükümetini İstanbul'da temsil etme ve Trakya'daki birliklere komuta etme görevini Refet'e verme kararına Bursa' da vardığını söyleyecekti. Ali Fuat'ın anlattığına göre, bütün ülkenin ve özellikle İstanbul halkının tanıdığı ve sevdiği bir insan olan Refet'in bu göreve getirilmesine Mustafa Kemal ile Rauf birlikte karar vermişler ve meclisin onayını almışlardı.
Dördü de ülkenin yönetimini paylaşma konusunda hakları olduğuna inanıyordu.
(Ali Fuat (Cebesoy) ile Refet ( Bele), Başbakan Rauf (Orbay) ve Doğu Cephesi Komutanı Kazım Karabekir)
Kazanılan zaferle ilgili olarak yalnızca üç komutanın, kendisine sadık olan Fevzi (Çakmak) , İsmet ( İnönü) ve Milli Müdafaa Vekili Kazım'ın (Özalp ) adını takdirle andı.2 Başkomutan olarak son sefere katılan bütün komutanları terfi ettirirken, Anadolu'da başlangıçtan beri yanında yer alan ancak İsmet Paşa'nın emri altında çalışmayı reddeden Ali Fuat (Cebesoy) ile Refet'i ( Bele) dışladı. Onlar, Türk milli direnişinin diğer iki önderi olan Başbakan Rauf (Orbay)3 ve Doğu Cephesi Komutanı Kazım Karabekir'in tarafını tutmuşlardı. Savaş boyunca Karabekir Mustafa Kemal' e sürekli olarak gereksiz önerilerde bulunmuştu ve şimdi de başkumandanını kutlamak için Ankara'ya geliyordu.
Osmanlı İmparatorluğunun çöküş döneminde paşalar genellikle özerk savaş-beyleri (warlords ) olmuşlardı. Mustafa Kemal'in kendisi, en azından Büyük Savaş'ta, fırsat bulduğunda istediği gibi davranmıştı. Eski Osmanlı ordusuyla kıyaslayınca, Büyük Millet Meclisi ordusunun komutanlarını denetlemek daha bile zordu. Rütbece üstün olmak her zaman direniş hareketinde üstün olmak anlamına gelmiyordu. Komutanların çoğu, direniş hareketine daha sonra katılmasına karşın hem üst rütbeli hem de iyi bir sicili olan Fevzi Paşa'nın (Çakmak) otoritesini kabul ediyordu. Bu arada yine harekete sonradan katılanlardan İsmet Paşa, kendisinden daha üst rütbeli birçok komutan göz ardı edilerek Batı Cephesinin Komutanlığına getirilmişti. Önce Refet ( Bele) , sonra Mustafa Kemal'in yakın dostu Ayıcı Arifle araları bozulmuş ve Arif, 1922 Haziranında 3. Kolordu Komutanlığından alınmıştı.