Kefir bağırsakta yaşayan faydalı mikropların sayısını artırır, sindirimi kolaylaştıran enzimler üretir ve birçok vitamini sentezler (K, Niasin, Biyotin, vb.). Kefir midenizi rahatlatır, kabızlığı önler, alerjiyi azaltır, bağışıklık sistemini güçlendirir ve kansere karşı koruyucudur.