İlk ve orta öğrenimini Kayseri’de tamamladıktan sonra, lisans (1992), yüksek lisans (1995) ve doktorasını (2000) İstanbul Üniversitesi, Tarih Bölümünde yaptı. 1993’te İstanbul Üniversitesi, Türkiyat Araştırmaları Enstitüsünde araştırma görevlisi olarak çalışmaya başlayan Ünal, Türk Dünyası Araştırmaları Vakfının desteğiyle 1995-1997 tarihleri arasında doktora çalışmaları için Kazakistan’da bulundu. Bu esnada Almatı Abay Devlet Üniversitesinde misafir öğretim elemanı olarak ders verdi. 2000 yılında Türkiyat Araştırmaları Enstitüsündeki görevinden ayrılarak yine Türk Dünyası Araştırmaları Vakfı ile 2000-2003 yılları arasında Rusya Federasyonu, Tataristan Özerk Cumhuriyeti’nde bulundu. Başkent Kazan’da Türk Dünyası Kültür Merkezi müdürlüğü yanı sıra çeşitli üniversitelerde dersler verdi. 2004’te Ordu Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümünde öğretim üyesi olarak göreve başlayan Fatih Ünal, halen bu görevine devam etmektedir. Evli ve iki çocuk babasıdır. Başta Kazak Türkleri olmak üzere, İdil-Ural Türkleri ve Türk-Rus ilişkileri üzerine yayınlanmış kitapları, makaleleri ve devam eden çalışmaları vardır.
Osmanlı devleti'nde 1900'lerin başında vilayet müzeleri de kurulmaya başlamış ve 1902'de Konya'da, 1904'te ise Bursa'da ilk vilayet müzeleri kurulmuştur.