Kilisenin inisiyatifinde bir adli ve cezai mekanizma kuruldu, engizisyonun temelleri atılırken ilk hedef Yahudiler olmuştu Papalık Yahudilerin aşırı servet biriktirdiklerini, çalınmış eşya kabul ettiklerini, Kilise ye vergi vermekten kaçındıklarını ileri sürerek
Krallara şikayet de bulundu.
Hristiyanlıktan uzaklaşanlarla ilgili eski kanunları yeniden gündeme getirdi bu şeklide 2 çeşit Engizisyon kurulmuş oldu.
Hristiyanlıktan uzaklaşmakta ısrar edilenler diri diri yakılacaktı. Dine hakaret edenlerinde ağzına kor ateşler konulur dilsiz bırakılırdı.
Engizisyon mahkemelerinde davalar mutlaka sonuçlandırılması gerektiği için amaç zanlının suçunu itiraf etmesidir bununda yolu çoğu zaman işkencelerdir.
Bu durum bir çok mağduru işlemedikleri suçları itiraf etmek yada başkalarının adına yalan ifade vermeye mecbur bırakılıyordu.
Engizisyon tarafından kullanılan temel işkenceler makara, tezgah ve ateşti.
Gerçekten de bu işkencelere maruz kalanlar akıllarını kaybederek işlemediklerini suçları işlediklerine inanmışlardı.
Ateşle yakılma ibret olsun diye sıklıkla şehir meydanlarında uygulanmaktaydı.
Toplamda 30 ila 80 bin insanın cadı olduğu gerekçesiyle idam edildiği düşünülüyor.
Engizisyon mahkemesinde bir kez yargılanan birinin kurtulması mümkün değildi, en iyi ihtimalle her şeyini kaybederdi.