James Mahoney, siyasi gelişme, Latin Amerika ve metodoloji alanlarında ilgi duyan karşılaştırmalı-tarihsel bir araştırmacıdır. En son kitapları şunlardır: Advances in Comparative-Historical Analysis (2015; Kathleen Thelen ile birlikte editörlüğünü yapmıştır); A Tale of Two Cultures: Qualitative and Quantitative Research in the Social Sciences (Gary Goertz ile birlikte; 2012); Colonialism and Postcolonial Development: Spanish America in Comparative Perspective (2010); ve Explaining Institutional Change: Ambiguity, Agency, and Power (2010; Kathleen Thelen ile birlikte editörlüğünü yapmıştır).
Mahoney, metodoloji konusundaki çalışmalarından dolayı Amerikan Sosyoloji Derneği (ASA) ve Amerikan Siyaset Bilimi Derneği'nden (APSA) birçok ödül aldı. Sömürgecilik ve Sömürge Sonrası Kalkınma adlı kitabı ASA ve APSA'daki bölümlerden altı büyük ödül aldı.
Mahoney, APSA'nın Nitel ve Çok Yöntemli Araştırma Bölümü ve Politika ve Tarih Bölümü Başkanı ve ASA'nın Karşılaştırmalı ve Tarihsel Sosyoloji Bölümü ve Gelişim Bölümü Başkanı olmuştur. Northwestern'de Siyaset Bilimi Bölüm Başkan Yardımcısı ve Sosyoloji Bölüm Başkanı olmuştur.