Yedeksubay olarak askerliğini tamamladıktan sonra Kars Merkez Vaizliğine, Tarsus, Bakırköy İlçe Müftülüklerine, 1984 yılında İçel İl Müftülüğü'ne, 1995 yılında İzmir Müftülüğü'ne atandı. 28.7.1999 tarihinde Diyanet İşleri Başkan Yardımcılığına atanan Mehmet Altunkaya evli ve 4 çocuk babasıdır.