Adı Yahyâ’dır. Babası Pîr Ali, Ankara’dan gelip Malkara’ya yerleşmiş olan Nasuh Halife’nin oğludur. Annesi, Muhammediyye müellifi Yazıcıoğlu Mehmed’in soyundan gelir. Bir Halvetî şeyhi olan Pîr Ali önce Şeyh Bâyezîd-i Rûmî’ye, ardından İbrâhim Gülşenî’ye intisap etmiş, Malkara’da Turhan Bey Camii imamlığı ve sıbyan mektebi muallimliği yapmış, 952 (1545) yılında vefat edince ders verdiği mektebin hazîresine gömülmüştür (Nev‘îzâde Atâî, s. 68). İlk eğitimini tasavvuf konusunda yetişkin bir zat olan babasından alan Nev‘î, 957’de (1550) İstanbul’a giderek “Ahaveyn” diye bilinen iki kardeşten Karamanî Ahîzâde Ahmed Efendi’nin Dâvud Paşa Medresesi’nde ve Mehmed Efendi’nin Sahn’daki derslerine devam etti. Bu sırada Hoca Sâdeddin, Bâkî, Remzîzâde, Hüsrevzâde, Üsküplü Vâlihî, Edirneli Mehmed Mecdî, Cevrî ve Camcızâde gibi geleceğin önemli simaları olacak şairlerle arkadaşlık kurdu. Ahîzâde Mehmed Efendi’ye büyük saygı ve bağlılık gösteren Nev‘î hocasının Edirne’deki Beyazıt Medresesi’ne tayini üzerine onunla beraber gitti (962/1555), yine hocasının Süleymaniye Medresesi’ne tayiniyle İstanbul’a dönerek mülâzım oldu (970/1563). Gelibolu’daki Balaban Paşa ve Mesih Paşa medreseleri müderrisliğine gönderilen Nev‘î (973/1566) 980’de (1572) İstanbul’da Şahkulu, ardından Murad Paşa, Câfer Ağa, bir yıl sonra da Mihrimah Sultan medreselerinde müderrislik yaptı. 993’te (1585) evlendi. İki yıl sonra tayin edildiği Çınarlı Medresesi’ndeki müderrisliği 998’e (1590) kadar sürdü. Aynı yıl Bağdat kadılığına gönderilmişse de hiç istemediği bu göreve gitmeden III. Murad tarafından Şehzade Mustafa’nın hocalığına getirildi. Bâyezid, Osman ve Abdullah adlı şehzadelerin de katıldığı bu dersler şehzadelerin öldürüldüğü 1003 (1595) yılına kadar devam etti. Daha sonra almakta olduğu maaşa ilâveten kendisine kazasker emekli maaşı bağlandı, ayrıca kayınpederi Nişancı Mehmed Bey’in kurduğu medresenin 50 akçelik yevmiyesi de verildi. 30 Zilkade 1007 (24 Haziran 1599) tarihinde vefat edince Şeyh Vefâ Camii hazîresinde Şeyh Şâban Efendi’nin yanına defnedildi.