Allendy, üç yaşındayken zatürreye yakalandı ve difteri ve diğer ciddi rahatsızlıklardan etkilenen hasta bir çocuktu. Ortaokulu başarıyla tamamladıktan sonra Rusça ve İsveççe öğrendi ve 1912'de Paris Tıp Fakültesi'nden tıp diploması aldı. Birkaç gün sonra, 1935'teki ölümüne kadar arkadaşı ve asistanı olan Yvonne Nel-Dumouchel ile evlendi . Yvonne'un ölümünden sonra Allendy, kız kardeşi Colette ile evlendi.
1914'te I. Dünya Savaşı için seferber edildi, ancak verem teşhisi konulduktan sonra sivil hayata geri döndü. Léopold-Bellan ve Saint-Jacques hastanelerinde hekimlik yaptı . 1932-1939 yılları arasında Saint-Jacques'ta veremi önlemek için homeopatik tedavi yöntemlerini denedi.
1922'de eşi Yvonne ile birlikte, hümanistik ve bilimsel yeniliklerin tanıtımına adanmış, Sorbonne'da Groupe d'études philosophiques et scientifiques pour l'examen des idées nouvelles'i kurdu. Konuşmalar yapmak üzere çok sayıda önemli sanatçıyı cezbetti. 1924'te René Laforgue ile psikanaliz yaptı ve kendisi de bir analist olarak çalışmak üzere eğitim aldı. 1926'da, Freud'un himayesindeki Prenses Marie Bonaparte , Allendy'nin 1928 ile 1931 yılları arasında sekreter olarak çalıştığı Paris Psikanalitik Derneği'nin kurulmasına yardımcı oldu.
Yazar Anaïs Nin, 1932'de Allendy'nin hastası ve daha sonra sevgilisiydi. İlişkinin hikâyesi, Nin'in günlüğünde, özellikle Henry ve June'da ayrıntılı olarak anlatılır. Allendy ayrıca Antonin Artaud'yu da analiz etmiştir.