1969'da École Nationale des Chartes'a girdi ve Pierre Goubert'in yönetiminde on altıncı yüzyıl Flanders'ı üzerine bir tez hazırladı. 1970'te Meksika'ya yaptığı bir gezi bu ülkeye olan ilgisini uyandırdı.1973'ten 1975'e kadar École française de Rome'un ve Madrid'deki Casa de Velázquez'in üyesiydi. 1983'te CNRS'ye katıldı ve 1989'da araştırma direktörü oldu. Ayrıca 1993'ten beri Sosyal Bilimler İleri Araştırmalar Okulu'nda çalışmalar direktörüdür.
Gruzinski, özellikle kültürlerarası alanlar, melez mekanların doğuşu ve küreselleşmenin ilk tezahürleri gibi sömürge deneyimleri olmak üzere, Amerika ve Asya'nın sömürgeleştirilmesiyle ilgilenmektedir. Carmen Bernand ile birlikte De l'idolâtrie: Une archéologie des sciences religieuses ve Histoire du Nouveau Monde'un iki cildini yayınladı. Ayrıca, "Découvertes Gallimard" koleksiyonundan zengin resimli bir cep kitabı olan Le destin brisé de l'empire aztèque'nin yazarıdır ve bu kitap İngilizce de dahil olmak üzere dokuz dile çevrilmiştir.
2004 yılında Musée du quai Branly'deki "Planète Métisse" sergisinin küratörlüğünü yaptı.
2015 yılında, 22. Uluslararası Tarih Bilimleri Kongresi'nde (ICHS) Tarih dalında Uluslararası Büyük Ödülü kazandı.