On bir yaşında Roma Katolikliğine dönüştüğü Kobe' de annesi ve teyzesi tarafından büyütüldü. Tokyo'nun Keio Üniversitesi'nde Fransız Edebiyatı okudu, 1949'da BA' dan mezun oldu ve 1950-1953 yılları arasında Fransa'daki Lyon Üniversitesi'nde Fransız Katolik edebiyatı alanındaki çalışmalarını ilerletti. İngilizce, Fransızca, Rusça ve İsveççe dahil olmak üzere, Japon toprağının Hristiyanlığın büyümesini besleyememesi. 1996'daki ölümünden önce Endo, bir dizi seçkin Japon edebiyat ödülünün sahibi oldu: Akutagawa Ödülü, Mainichi Kültür Ödülü, Shincho Ödülü ve Tanizaki Ödülü.
Reason says people should feel pleasure in beautiful things, but in fact we can find beauty in ugliness and be intoxicated by it. That's what Sensei said. Don't you think he's right?'