Emekli hakim, binbaşı.1957'de Kırıkkalenin Bahşılı ilçesinde doğdu. İlk ve orta öğretimini burada tamamladı. 1979'da İstanbul Üniversitesi Hukuk Fakültesinden mezun oldu. 1980’de Fatsa hâkimliğine atandı. Aynı yılın 14 Aralık tarihinde yedek subay olarak vatani görevine başladı. Terhisini müteakip 1983’te Bayburt hâkimliğine atandı.
Yedek subaylığı döneminde açılan askeri hâkimlik sınavlarında başarılı olan Çağlayan, 14 Aralık 1983’te hâkim teğmen olarak orduya intisab etti. Stajını müteakip, Gaziantep 5. Zırhlı Tugay Askeri Mahkemesinde dört yıl görev yaptı. Ardından Erzincan 3. Ordu mahkemesine atandı. Üç yıl sonra Gelibolu 2. Kolordu savcılığına getirildi ve altı yıl bu görevde bulundu. 1997’de Kuzey Kıbrıs Türk Barış Kuvvetleri Komutanlığı Askeri Hâkimliğine Temmuz ayında başladı. Aynı günlerde de binbaşılığa terfi ederek birinci sınıf hâkimliğe ayrıldı.
1990’lı yıllardan sonra NATO’nun düşman kuvvetler konseptini yeşil olarak, yani “İslam” olarak değiştirip, İslam Dünyasında aktif ve pasif işgal girişimlerine başladığı dönemde, ordu içinde, NATO konseptine paralel olarak iç tehdit konseptinin değiştirilmesini amaçlayan ve “irtica ile mücadele” adı altında yapılanan BÇG isimli 28 Şubat Cuntası tarafından sakıncalı personel statüsüne ayrıldı. 1998 yılı Aralık Şura’sına kadar BÇG hiyerarşisi içinde rol almaya ya da pasifize edilmeye zorlandı. Baskılara ve tehditlere boyun eğmeyen Çağlayan, cuntanın “Islahı Gayri kabildir. Orduda kalması caiz değildir” kararı ile hakkında tanzim edilen düzmece dosya ile dönemin Genelkurmay Adli Müşaviri Hakim Tümgeneral E.Ş.’nin BÇG mensubu emekli bir albayı gönderip, görev yaptığı KTBKK Komutanlığından getirttiği bu düzmece dosya ile Yüksek Askeri Şura üyeleri yanıltılarak re’sen emekliye sevk edildi.
14 Aralık 1998 tarihi itibariyle orduyla ilişiği kesilen Çağlayan; 28 Şubat süreci kapsamında tasfiye edilen subaylar arasında yer aldı. Açmış olduğu dava, Anayasanın hâkimlik güvencelerine aykırılık iddiasına rağmen, dönemin AYİM Daireler Kurulu üyelerince oy çokluğu ile reddedildi. Red oyu kullananlar arasında, heyetteki kurmay subaylarla birlikte Genelkurmay Adli Müşaviri Hâkim Tümgeneral H.Ç. de bulunmaktaydı. Aradan geçen yıllar içinde, Çağlayan’ın ilişiğinin kesilmesine dayanak yapılan ve anayasaya aykırı olduğunu ileri sürdüğü tüm kanun maddeleri yine AYİM’in başvurusu üzerine Anayasa Mahkemesi tarafından anayasaya aykırı bulunarak iptal edilmiştir. Böylece zaman içinde Çağlayan’ın TSK’dan ilişiğinin kesilmesinde mutlak kanunsuzluk hali bulunduğu ortaya çıkmıştır.
Yusuf Çağlayan ordudan ayrılmasını müteakip, bir yıllık bir mücadeleden sonra avukatlığa başlayabildi. Aynı günlerde 28 Şubat Cuntasının tasfiye ettiği subay ve astsubayların organize edilerek “Adaleti Savunanlar Derneği” çatısı altında toplanmasında önce kuruluş aşamasında, bilahare dernek çalışmalarında idari ve hukuki olarak aktif rol aldı. Sivil toplum kuruluşlarının ve resmi kurumların toplantılarında dernek hukukçusu olarak temsil görevlerinde bulundu. Derneğin tüm çalışmalarında hukuki danışmanlık ve hukuki metinlerinin hazırlanması faaliyetlerini yürüttü. Başta 28 Şubat Cuntasının tasfiye ettiği subay ve astsubaylar olmak üzere, aynı dönemin mağdurlarına destek verdi. Darbecilerin halkın inanç ve değerlerine olan yabancılaşmalarını her fırsatta deşifre ederek, provoke edilerek, orduya olan inanç ve güveni suiistimal edilen halk kesimlerinin darbecilere karşı bilinç kazanmalarında gerek münferit ve gerekse dernek çatısı altında yapılan çalışmalarda aktif rol üstlendi.
1980’li yıllardan itibaren “Mehmet Fatih Çandarlı” müstear ismi ile çeşitli gazete ve dergilerde yayınladığı makalelerini, ordudan ayrıldıktan sonra da kendi ismi ile yayınlamaya devam etti.
ASSAM (Adaleti Savunanlar Stratejik Düşünce Merkezi) kurucu üyesi ve aktivisti, SADAT(Uluslar arası Savunma ve Danışmanlık) A.Ş. kurucu ortağı olan Çağlayan’ın, “Orduda ve Yargıda Darbeci Kuşatma” isimli bir kitabı yayınlanmıştır.
2007 Yılı itibariyle aktif avukatlığını sonlandıran Yusuf Çağlayan, halen İslam düşüncesi, sosyoloji ve eğitim konularında, seminer, araştırma ve çalışmalarına devam etmektedir.
2011 Yılında çıkarılan yasa ile hukuksuzluğa maruz kaldığı MSB’nca kabul edilerek, görevdeki emsallerinin rütbe ve kıdemi üzerinden emekliye sevk edilen Çağlayan, evli ve bir kız evlat sahibidir.