Tehcir tabii olarak meşakkatli geçmiştir. Binlerce insanın bir anda yerlerinin değiştirilmesi muhakkak ki kolay bir şey değildir. Bununla beraber, kafilelerin hangi güzergâhtan gideceği, toplanma mahallerinin önceden tesbiti, nakilde özellikle tren istasyonlarının merkez olarak seçilmesi ve naklin büyük ölçüde trenle yapılması, kafilelerin iaşe ihtiyacının devlet tarafından karşılanması, kafilelere sıhhiye memurları tayin edilmesi, kafilelerin güven içinde hareketleri için zaptiye eşliğinde gönderilmeleri gibi tedbirlerin alınmış olması, tehciri, belki de asrın en sistemli yer değiştirmesi haline getirmiştir.
Tabii ki, yukarıda da belirttiğimiz gibi, nakil sırasında, Ermeni çetelerinin katliamına uğrayan halktan bazı gurupların kafilelere bir tepki olmak üzere saldırıları olmuş ve yaklaşık dokuz on bin kişi katledilmiştir. Ayrıca tıpkı Rumeli’den Anadolu’ya göç eden Türkler’de olduğu gibi, bu şekilde büyük nüfus kütlelerinin yer değiştirmelerinde her zaman rastlanacak bulaşıcı hastalıklar sebebiyle de ölümler meydana gelmiştir. Hiç şüphesiz bunların hiçbiri tehcir emrini verenlerin istedikleri şeyler değildir. Nitekim görülen suistimallere karşı, devamlı tedbirler alınmış, kafilelerinin korumasız çıkarılmaması için emirler verilmiş, suistimali görülenler cezalandırılmıştır.